Gatunek o niedostatecznie poznanym rozsiedleniu i biologii, gdyż przez niektórych badaczy uważany za identyczny z H. ater (Payk.). Notowany głównie ze środkowej i północnej części Europy, w Fennoskandii sięgający daleko poza koło podbiegunowe. W Polsce zakorek brunatny znany jest z nielicznych stanowisk tylko w ośmiu krainach. Występuje głównie na sośnie, rzadziej notowany ze świerka.